Na Alta Idade Média, na Europa Ocidental, os religiosos desempenharam importante papel cultural, ao fazerem com que a Medicina e a Ciência encontrassem abrigo dentro dos muros dos mosteiros, tanto como agentes da manutenção do conhecimento científico da época, como no cuidado e tratamento dos doentes. Nesse aspecto devem ser ressaltados o papel histórico de Cassiodoro no Mosteiro de Vivarium e de São Bento de Nursia no Mosteiro de Monte Castelo.

Com Flavius Magnus Aurelius Cassiodoro (490-581) começa uma das atividades mais importantes do convento, o trabalho dos monges voltados para a cópia e guarda de manuscritos. Cassiodoro fundou o Mosteiro de Vivarium, para onde levou sua biblioteca e iniciou os monges no trabalho de entender e copiar meticulosamente as obras que ele considerava importantes. Na medicina, os monges copistas foram fundamentais na preservação do conhecimento existente, como as obras do Corpus Hipocraticum, de Aristóteles, Hipócrates, de Galeno, de Dioscorides e de outros. Os escritos médicos passaram a ocupar lugar de destaque nos scriptoria dos mosteiros. 

O mosteiro de S. Gall na atual Suiça, chegou a possuir cerca de 6 mil livros em sua biblioteca.

Em 529, o criador da Ordem dos Beneditinos, São Bento de Nursia (480-544) fundou o Mosteiro de Monte Cassino localizado entre Roma e Nápoles, onde redigiu a Regula Benedicti, uma coletânea de normas e preceitos que balizavam a vida em uma comunidade monástica cristã. Alguns desses preceitos determinavam a necessidade religiosa de cuidados aos doentes e em local adequado. “Ora e trabalha na assistência aos enfermos, antes de tudo e sobre tudo” era uma das regras básicas da Regula Benedicti. Surgiram então o irmão-enfermeiro e aposentos para os enfermos nos conventos, que depois resultaram nas enfermarias.

Nos monasterios, as plantas com qualidades terapêuticas eram cultivadas com cuidado, depois recolhidas e conservadas em recipientes especiais que eram criteriosamente guardados. Surgiram assim as boticas dos conventos. Vários outros mosteiros semelhantes, voltados também para o cuidado aos doentes foram fundados em diversos locais, especialmente na Gália, Itália, Inglaterra, Espanha e Germânia.

A medicina desenvolvida nos mosteiros era simples, empírica, com a utilização de ervas medicinais, dos conhecimentos populares e de elementos místicos, como utilização de relíquias sacras, orações, imposição de mãos. Para os monges, a salvação da alma era talvez mais importante que a salvação do corpo. A atividade religiosa dos mosteiros continuava sendo a mais importante.

Com o tempo a assistência aos doentes foi aumentando de importância nos mosteiros, até que as autoridades clericais, temerosas que esse tipo de atuação desviassem os monges de suas obrigações religiosas, proibiram a prática da medicina aos clérigos, através de resoluções dos Concílios de Clermont em 1130 e o de Tours em 1163. Menos mal para a evolução do conhecimento médico, que nessa época já se desenvolviam escolas de ensino da medicina laicas. A primeira e a principal delas foi a escola de Salerno, que desde o século X já não tinham o controle religioso formal, embora seus principais mestres fossem clérigos médicos da Ordem dos Beneditinos.